Døden er begyndelsen
Titusinder af nukleare eksplosioner fylder skærmen, og en dyb brummen fylder rummet ud. Langsomt ser man billedet af en enorm sol danne baggrunden for det kontor, hvor ”The Illusive Man” befinder sig. Bagvæggen er et stort panoramavindue, hvor udsigten til solen afbrydes af en slank silhuet af en kvinde. En kort samtale finder sted, hvor vi hører om Shepards bedrifter, om hvordan han reddede Citadellet fra Reaper-truslen, og om hvordan det nye Council slet ikke har lært den dyre lektie. Selvom Shepard prøvede at overbevise alle om, at truslen slet ikke var væk, har det nye menneskekontrollerede Council fejet hele sagen ind under det galaktiske stjernetæppe, som var det en enestående handling.
The Illusive Man og hvad der viser sig at være en yderst tiltrækkende ung kvinde er dog sikre på, at The Reapers stadig er derude et sted, afventende på et altødelæggende angreb. Og selvom Shepard er blevet sat til at jagte Geth af The Counsil, vil Cerberus, organisationen for hvem The Illusive Man er chef for, sørge for at Shepard endnu engang bliver sat til at redde universet fra The Reapers, enorme maskiner, der hvert 50.000. år vender tilbage og udsletter alt liv. Billedet fader langsomt ud og scenen skifter til et velkendt rumskib.
The Normandy glider lydløst og uopdaget igennem rummet efter en FTL (Faster Than Light) rejse, hvor de søger efter Geth-aktivitet. Pludselig dukker et enormt Cruisership frem bag dem og indsætter et ødelæggende angreb på The Normandy. Selvom The Normandy befinder sig i stealth-mode, der gør dem så godt som usynlig over for alt kendt trackingudstyr, rammes skibet efter få sekunder af cruiserens offensiv. Alle mand påbegynder evakueringen af den brændende Normandy, på nær Shepard og Asley, der prøver at slukke ilden, og piloten Joker, der stadig styrer skibet i cockpittet, så mandskabet har en chance for at undslippe i nødkapslerne. Situationen er desperat, The Normandy er ved at gå til i et flammehav, så Shepard beordrer Asley til at hjælpe de sidste med nødkapslerne, imens han selv går frem i skibet for at få fat i Joker.
